В Друпал 7 модуль Ubercat использует свою систему почтовой оправки по-умолчанию. Поэтому при включении модуля SMTP отправка писем из Ubercart может происходить напрямую, а не через настройки SMTP модуля.
Исью по теме:
https://www.drupal.org/node/1201198
https://www.drupal.org/node/1364612

И есть разные решения проблемы:
1. с помощью изменения переменных
http://www.drupal.ru/comment/537268#comment-537268
2. установкой и настройкой еще одного модуля Mail System
https://eureka.ykyuen.info/2013/06/05/drupal-ubercart-and-smtp-authentic...
3. использованием более старой версии модуля smtp
http://stackoverflow.com/questions/16228837/drupal-7-ubercart-3-4-emaili...

Наиболее простой и надежный вариант №2.
Суть его в следующем. Необходимо установить и включить модуль https://drupal.org/project/mailsystem. Далее на странице его настройки admin/config/system/mailsystem для классов подмодулей Ubercart установить SmtpMailSystem вместо UbercartMailSystem (см. скриншот во вложении) и сохранить изменения.

Если возникнут вопросы, то напишите тикет нам. Обязательно поможем.